近況報告

最近のアップデート

  1. 2024年度の日本数理生物学会奨励賞をいただきました。
  2. 新しい論文を投稿しました。実験進化と数理モデルを組み合わせて、環境変動の大きさが進化と個体群に与える影響について調べました。国立遺伝学研究所に異動後、最初の仕事です。
  3. 日本進化学会に参加しました。2の研究結果について口頭発表を行いました。

新しい論文が出版されました。

2024年に新しい論文が二報出版されました。

  1. 食物連鎖の長さはと環境要因の関係は、種多様性が媒介する (Shibasaki & Terui 2024, Oikos)。こちらはノースカロライナ時代の仕事です
  2. 動物民間伝承の地理的分布は現実の動物の生息域に制約される (Shibasaki, Nakadai, & Nakawake, 2024, Roy, Soc. Open. Sci.)。こちらは博士課程終了直前から裏で進めていた研究です。やっと出せました。

2の論文は朝日新聞デジタルでも取り上げられました(リンク先は有料記事)。共同研究者の皆様、ありがとうございました。

最近の仕事

4月の間はたくさんの論文を投稿・改訂していました。

  • 博論第四章(空間構造がある場合の微生物群集の安定性と種間相互作用)改訂版提出済み
  • 微生物間相互作用の推定方法に関する意見論文 改訂済み
  • 食物連鎖長と種数の関係について 投稿中 (UNCG Science everywhereでシミュレーションのデモを展示)
  • トリックスターの分布と現実の動物の分布について 短報からフルペーパーに修正中
  • 食物連鎖長に関するレビュー論文 修正中
  • 秘密のオピニオン論文 査読中
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新作の論文が出版されました

博論から二つ目の論文が  J. Royal Society Interface  から出版されました。

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsif.2021.0613

Demographic noise と environmental noise という二つの摂動がリンクしている状況下での個体群動態と種多様性について調べた論文です。実は、生態学の論文や、所属研究室以外の人と執筆した論文は (筆頭著者としては) 初めてです。

何とか今年も筆頭著者として論文が出せて一安心。後、二つほど博士課程で投稿予定。

ちなみにこの論文、査読者が四人ついてて今までで一番対応に時間がかかりました。査読者の方々のコメントを見る限り、査読のおかげでかなり論文の質も上がったと思います (古い版を見たい方は arXiv へ)。初稿の頃に比べてかなり Appendix が厚くなったなぁ…

 

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近況報告

忘備録としてこの冬・春の進捗

論文

去年の夏に投稿した論文 (博論第二章) は苦戦しつつも現在査読中。Reject される度にデータが増えるしメッセージが明確になっている (はず) ので、そろそろMajor or minor revision かで帰ってきてほしい。

共著論文が出版されました (学位とは関係なし) リンク。

その他、博論の第三章となる実験系と共同の論文が一件 (理論パートの解析はひとまず終了。実験結果が出た後、多少の追加解析はするが、コードは準備済み)。おそらく、来年の投稿予定? 今までとはちょっと毛色が違うが、かなり面白い結果のはず。ただ、使っている手法が  (理論パートだけでも) 多い上に、実験系とのコラボもあるので、査読者と編集者が大変そう (まるで他人事の様に….)

博論第四章は解析を開始。今度は上の研究から派生した基礎生態学よりのテーマ。少し解析した感じは面白くなる予感。実験系とのコラボもありうる? 博論第五章への派生も見込んでいる (博論が論文5報分って長くないか…)。いずれにせよ、博論審査委員会から言われたノルマの論文四報は問題なく行けそう。

もう一つ、博論とは関係のない共著も進行中。

学会など

[5/15一部修正]

春・夏の学会予定

ヨーロッパの数理生態・進化学の研究会 (Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution) で口頭発表予定 (オンライン) リンク

アメリカの Society for Mathematical Biology 年会大会のミニシンポジウムで招待講演予定

上の二件は現在投稿中の論文 (博論第二章) の内容を話す。

博論第三章はフランスのCBI で講演 (オンライン) 予定

研究以外の案件でも夏に登壇依頼あり。

 

秋に日本の学会でも発表するかも…?

博士課程も折り返し地点を過ぎたので、研究と各方面でのネットワーキング が多め。

論文出ました

 

1. ローザンヌ大学での論文一本目が Evolutionary Applications にて掲載されました。

以下、簡単な解説。

微生物の中には環境中の有害物質の除去など、有用な機能を持つものがいます。しかし、微生物はその世代時間の短さゆえ、すぐに進化し、その有用な機能が失われうることが報告されています。そこで、微生物にとっても有害な物質 (例えば、重金属など)を分解する場合について、数理モデルを用いてどのような培養方法を用いれば微生物の進化動態を制御でき、この問題を回避できるかを検討しました。その結果、環境に流入する有害物質の濃度を制御することで、この問題を解決できることを示せました。

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新しい論文

スイス行く前 (DC1 時代) にやった仕事が Journal of Theoretical Biology でアクセプトされました。

なんとか年度内に終わってよかった。

これで日本に残してきたお仕事は全て片付いたはず…

 

追記

Publons のアカウントを作ってみた。h-index とかがグラフで出るし、ORCID との連携で設定も終わるからすごく楽。

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